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微生物實驗室應設置成獨立的區域，與其他實驗室分開，門口應設有門禁，非相關人員不可進入，各室根據工作內容合理布局，既方便工作又互不影響。

1. 準備室

準備室用于配備培養基和樣品處理等。主要配置有實驗臺、專柜、冰箱、電爐和電源、上下水道、加熱器、蒸鍋，洗刷器皿、洗刷用劑等。

2. 普通實驗室

普通實驗室用于微生物的觀察、計數和生理生化測定工作。普通實驗室的布局由建設方實際工作需求而定，一般配置以顯微鏡、實驗臺、試劑柜等。

 3. 滅菌室

滅菌室用于培養基和各種器具的滅菌。主要配置有高壓蒸汽滅菌器、烘箱等。

4. 恒溫培養室

⑴ 培養室設計：培養室應有內、外兩間，內室是培養室，外室是緩沖室；內外室的室中央都要安裝紫外線燈，用以滅菌；安裝恒溫恒濕機，維持室內溫濕度需求；內外室的隔墻上方要設置帶空氣過濾裝置的通風口。

⑵ 培養室設備用具：內室配備培養架和搖瓶機（搖床）；外室配備專用工作服全套裝備、手持噴霧器、5%石炭酸溶液、70%酒精棉球等。

5. 無菌室

菌種的接種移植、純化在微生物實驗中是一項重要操作，無菌室正是為保證菌種純種、防止雜菌的污染而設置的。

⑴無菌室應有內、外兩間，內間無菌室，外間緩沖室。內外間容積宜小不宜大，以便于空氣滅菌。

⑵ 應在內間入口處的上方設置通氣窗，有條件的也可安裝恒溫恒濕機。通氣窗*好為雙層結構，外層為百葉窗，內層可用抽板式窗扇。

⑶內外間的隔墻上可安裝傳遞窗，以減少人員進出、降低污染。